シーズン1、エピソード1: ある日突然、平和なニンジャゴーシティに"マージ"という現象がおこり世界がめちゃくちゃになってしまった。ニンジャにあこがれている"エリン"マージによって別の世界からやってきた"ソラ"。インペリウム王国から脱走した謎の生物によって二人は大ピンチに巻きこまれるのだった...！