ある日突然、平和なニンジャゴーシティに"マージ"という現象がおこり世界がめちゃくちゃになってしまった。ニンジャにあこがれている"エリン"マージによって別の世界からやってきた"ソラ"。インペリウム王国から脱走した謎の生物によって二人は大ピンチに巻きこまれるのだった...！

捕まってしまったエリンとソラのもとに、伝説のグリーン・ニンジャ、ロイドがあられた！ロイドに救出され、逃げようとするがラプトンたちに見つかってしまう。なんとか逃げることに成功した３人は、ラプトンの目的がドラゴン狩りだと知り、ドラゴンのリュウの故郷”スリーマウンテン島”をめざすのだった。

修行のため、ロイドにたたき起こされるエリンとソラ。やる気MAXのエリンと、やる気ゼロのソラ。しかも、今夜は年に一度のクロスロードカーニバルの日なので、ソラは行きたくて仕方がない…。エリンをさそいこっそりカーニバルへ行くことにした。しかし、カーニバルの裏ではあやしい策略がうごめくのだった…。

ロイドのもとで修行にはげむエリンとソラ。そこへ突然、バウンティ号が3人のもとへ墜落！かつてニンジャのカイが旅に出る時に使用したバウンティ号のはずだが、カイはいない…。すると、ロイドがカイの行方の手がかりとなるメモを見つけた。３人は仲間のカイを探すため、新バウンティ号で旅に出発するのだった。

バウンティ号で旅をするロイドたち。すると目の前に雲の上の王国が現れ、さらにマージクエイクが発生！空間の裂け目からモンスターがあらわれ王国が大ピンチに…！ロイドたちはなんとかモンスターを追い返すことに成功する。そして、雲の上の王国の図書室でマージクエイクを止める方法を調べようとするのだが…。

インペリウム王国のラプトンたちがドラゴンを捕獲しようとしている。そこへ、ニンジャたちがあらわれドラゴンを救出！ラプトンを倒したと思いきや、巨大なフォタックビーストを出現させ、ラプトンは逃げてしまった。思わぬフォタックビーストの出現により、ソラはインペリウム王国との因縁について語り出すのだった…。