カントー地方にある全寮制の学校･セキエイ学園に入学した、パルデア地方出身の少女･リコ。初めてのポケモン･ニャオハをもらい喜ぶリコだったが、ニャオハは全然言うことを聞いてくれない…。ニャオハとの絆を深めようと奮闘するリコ。一方、リコが持つ「不思議なペンダント」を求め、彼女を探す怪しげな人物たちが現れて―!?

不思議なペンダントを狙う一団･エクスプローラーズに追われるリコ。空からリザードンと共に現れたフリードに助けられるが、彼のことも信用できない…。連れられたその先で待っていたのは、フリードの仲間「ライジングボルテッカーズ」と、彼らが乗る飛行船「ブレイブアサギ号」だった―!!

故障によってカントー地方の離島に不時着することになったライジングボルテッカーズの飛行船。すると、船のポケモン･ホゲータがいつの間にかいなくなってしまっていた。ホゲータを捜すため、島に上陸するリコとニャオハ。一方、離島に住む少年･ロイは、島では見たことがない謎のポケモンを目撃して…!?

もう一度、ホゲータに会いたい―。そんな思いを胸に、ライジングボルテッカーズの飛行船にやって来たロイ。しかし不運が重なり、なかなかホゲータと会うことができない。迫る出航の時。ふたりは再会することができるのか…? そんな中、アメジオ率いるエクスプローラーズの潜水艦が飛行船に迫ってきていて―!?

リコとペンダントを狙うエクスプローラーズが島に上陸、ライジングボルテッカーズの前に立ちはだかる。リコとロイは協力し、ニャオハ、ホゲータのコンビネーションで善戦するものの、隙をついたアメジオとアーマーガアが迫り来る。その時、再び輝くリコのペンダント! そしてロイが持つ「いにしえのモンスターボール」にも異変が…!?