ニャースが留守番を任されたロケット団のひみつ基地。森で遊んでいたピカチュウたちは偶然このひみつ基地を発見し、捕らわれのささやきポケモンゴニョニョを助け出そうとする。ところがひょんなことから「モンスターダンシングボール」が動き出し…。