緑豊かな街クラウンシティをめざすサトシたちは、仲間を探しているポケモン、ゾロアに出会う。一方、ゾロアークと呼ばれるポケモンがライコウ・エンテイ・スイクンに化けて街を破壊する事件が起きていた。その様子をモニターで眺める謎の男コーダイ。そして20年ぶりに街に戻ったセレビィにも危機が迫っていた...。