オレンジ諸島を旅するサトシたち。一方、謎のコレクター・ジラルダンが、火の神といわれる"特別なファイヤー"をゲットしてしまう。それがきっかけで、自然界のバランスが崩れ、世界は天変地異にみまわれてしまう。その時、幻のポケモン"ルギア"が現れた！！ルギアは果たして敵なのか、味方なのか！？