ハイテク都市"ラルースシティ"へやってきたサトシたちは、ポケモンが苦手な少年トオイと出会う。そこへ突然現れる、幻のポケモン"デオキシス"。デオキシスの目的は何なのか！？やがて街の機能がストップし、サトシたちは街から出られなくなってしまう。