シーズン1、エピソード1: 200X年。インターネット等の発達により、人類はネットワークの時代を迎えていた。誰もが、ネットナビという擬似人格プログラムが組み込まれた“PET”と呼ばれる携帯情報端末を持っている。小学五年生の光熱斗と彼のオリジナルネットナビ・ロックマンエグゼは、謎の組織・WWW(ワールドスリー)の凶悪犯罪に巻きこまれてしまう。