シーズン1、エピソード1: 高校生のマイク･フカナガはある日死んだ祖父からの手紙を受け取る。そこには「家紋はお前の未来の鍵だ」と書かれていた。祖父からもらった家紋入りのペンダントをベッドにはめると地下室が現れ、秘密の道場には祖父のホログラムが。そして影のヒーロー･ニンジャとなる運命を告げられる。その頃街ではライマーと名乗る男が銀行などを襲っており、マイクの憧れのクラスメイト、アマンダが誘拐されてしまう。