高校生のマイク･フカナガはある日死んだ祖父からの手紙を受け取る。そこには「家紋はお前の未来の鍵だ」と書かれていた。祖父からもらった家紋入りのペンダントをベッドにはめると地下室が現れ、秘密の道場には祖父のホログラムが。そして影のヒーロー･ニンジャとなる運命を告げられる。その頃街ではライマーと名乗る男が銀行などを襲っており、マイクの憧れのクラスメイト、アマンダが誘拐されてしまう。

貴重な美術品を狙う女怪盗カタラが現れる。マイクはカタラの足に火傷を負わせたものの、残念ながら取り逃がしてしまう。一方マーティンは、妻を亡くして以降初めてデートをする。その女性キャサリンが自宅にやってきた際、ふいに足を見たマイク。なんとキャサリンも足に同じような火傷を負っていた。

刑務所に収監されていた通称「2トン･ハーリー」が脱獄。警察無線で聞きつけたマイクたちが追うが、見つかったハーリーはあっけなく降参する。アマンダの調べにより、ハーリーは昔の仲間が収監されている郡刑務所へ入るために、脱獄後わざと捕まったことが分かる。巨漢のハーリーに対抗するにはチームワークが不可欠だが、マイクたち3人の連携はうまく行かず…。

ある日刑事のシュミットが行方不明に。彼は数々の失踪事件に関わるチェックメイトを調べていた。唯一の手がかりはチェスの駒ルーク。ルークの中には「Be7#」と書かれたメモが入っていた。チェスクラブに所属しているマイクはそれがチェスの棋譜だと気づき、チェス盤と街の地図を重ねた時その位置が昔の武器庫に当たることが分かる。ハイスクール･ニンジャたちが現地に行くとチェックメイトが現れ、爆弾解除のゲームが始まる。

現金輸送車を狙った強盗事件がたびたび発生。現場を確認しに行ったマイクたちの近くで再び犯行が起きる。犯人はアクロバットのように身軽に街を飛び回る「サブサイダーズ」と呼ばれるグループだった。彼らを追うと、メンバーの一人がオーウェンの友人ジェームズだと分かる。ジェームズに憧れていたオーウェンは、彼を救い出すためにサブサイダーズの隠れ家、地下へと潜入する。

メイビュー製薬からシリウム131という薬品が盗まれる。情報を得ようとメイビュー製薬に潜り込んだマイクたちは犯人のレッドアイに出くわし、アマンダは傷を負う。メイビュー製薬の情報を探ると、以前働いていたアーネソンという人物が、シリウム131に昆虫のDNAを混ぜて違法な実験をしていたことが分かる。アーネソンの自宅に侵入すると、高校の生物教師ブラッドフォードの写真を見つける。