S1, E1: 驚異的な記憶力と鋭い洞察力を持つ薪剛 (板垣李光人) は、科学警察研究所の法医第九研究室、通称“第九”の室長に任命され、親友で副室長の鈴木克洋 (中島裕翔) とともに任務に就くことになる。第九では、凶悪･重大犯罪において被害者および犯人が死亡した際、その脳を特殊なMRIスキャナーにかけ、生前の記憶を映像化するMRI捜査を行う。真相を明らかにできる可能性は高まったが、倫理的な問題もあるため、第九は機密組織とされていた。ある日、2人は第九初となる死刑囚･露口浩一 (光石研) の脳を調べることに。露口は6年前に家族3人を刺殺。長女の絹子は殺害後に海に投棄したとされていた。しかし、露口のMRI映像には目を疑うような光景と思いも寄らぬ事実が映っていた―。そして同じ頃、とある交番では20代の女性が保護されて…。