シーズン1、エピソード6: クレアがカートと繋がっていることを知ったウィルは彼女を問い詰める。倉庫内で自殺したアレックスが組織から仕事を請け、暗号化したのだった。組織は暗号を解読する手段を失い、ウィルが選ばれた。クレアはウィルを監視するために接触してきたのだった。すべてが計画のとおりだった。ウィルはクレアの元を離れる。残されたクレアは誰かに電話して、助けを呼ぶ。アントワーヌだった。アントワーヌは「クリスに説明できない」と言い、計画を失敗したとクレアを責める。ウィルはジェームズに暗号の解読を依頼し、計画の一部が明らかになっていく。そしてそこには「アンナの誘拐」も計画にあることも。ウィルは急いでリアとアンナの家に行く。ところがアンナは独りで家を抜け出し、クレアの家に向かっていたのだ。ウィルはFBIに行き、娘の保護を求める。クレアはアンナを連れて組織のアジトに行く。クレアとアンナは組織の支配下、人質になる。クレアのパソコンが証拠になるとして、ウィルたちは暗号を解読中のジェームズの隠れ家に行くが、ジェームズは何者かに殺されていた。