FBI捜査官が情報を得て、ある倉庫に潜入する。ところが、何か証拠を消した後で、犯人は自殺してしまう。現場からは謎の暗号文が見つかり、解読を元FBI捜査官の天才暗号解読者ウィルに依頼することになった。ところが、倉庫の壁の中に仕込まれた爆弾によって、捜査官8人が犠牲となり、暗号も消失してしまう。しかし、ウィルは密かに暗号を写真で撮っていた。ウィルが解読していくと人名が書かれていることが判る。ウィルはその人物を訪ねるのが、突然何者かに襲われてしまう。死んだことになったウィルは埋葬されるが、何者かに助けられる。謎の人物の指示に従い車を走らせるが、事故に巻き込まれてしまう。

事故に見せかけたのは協力者のクレアだった。ウィルは自分が死んだことになっていて、裏に何かが隠されていることを感じる。FBIの捜査チームは事件の調査のために、自殺したアレックスの妻に話を聞いたのだが、彼女には心当たりがない。おまけに自殺したアレックスは別人だった。何者かがアレックスに成りすまし、犯行に及んだとしたら、事件の背景は？自殺したのは誰？ウィルはカートに密かに連絡を取るが、カートはウィルに銃を向ける。逃げるウィルをカートは追うが、事故を起して死んでしまう。ウィルはカートの携帯電話を持ち去る。

防犯カメラから、カートの事故死の際に一緒にいたのがウィルだと判明する。FBIはウィルの別れた妻リアの元を訪ねる。ウィルは暗殺リストの最初の人物フィリップ・ワシントン宅を訪れたが、その際にクレアもそこにいたのだった。クレアは暗殺リストの暗号を作成したのはクレアの父だったことをウィルに告白する。その後FBIを名乗る人物がリアの家を訪れる。クレアの元で暗号を解読するウィル。判明した人物をウィルとクレアは訪ねる。FBI捜査官のリーズとアンドレが死んだはずのウィルの部屋を訪れると、新たな痕跡と隠していた暗号を見つけられてしまう。

倉庫で自殺した容疑者の記録を処分した病院の医師の元に、リーズとアンドレが訪れる。ばれるのが時間の問題だと訴えるが、クリスは彼を口封じのために殺してしまう。FBIはウィルが3人の暗号を解読したことを知る。ウィルとクレアは解読に成功したリストの新たな人物スカーレット・ワトキンの事務所に行くと、倒れている彼女を発見する。急いで病院に連れて行くが、彼女は死んでしまう。暗号に記されていた日よりも9日早く殺されたのだった。リストに載っていて殺された人物の死因は、いずれも自然死に見せかけた心臓発作だった。そして監視カメラの映像によって女性を運んだのがウィルだったことが判ってしまう。ウィルは娘のアンナの前に現れる。ウィルが生きていることを確信した、ロバートたちはリアを再度訪ねる。娘のアンナはウィルを会ったことを隠すのだった。ウィルの墓には別人の遺体が埋められていた。それを指示したのはカートだった。ウィルは暗号の解読を進める。新たに出てきた名前はウィル・スコット。自分だった。

気分転換でアンドレはリーズを飲みに誘おうとするが、リーズはデートがあると断られる。ウィルはかつて逮捕した元ハッカーのジェームズを訪れる。ウィルはジェームズに暗号解読に成功した5人の関連を調べるように依頼する。そこにはウィルの名前も。リーズはネットで知り合ったアントワーヌとデートをする。ジェームズの調べで5人の共通点として、ある人物から多額の送金を受けていたことが判明する。FBIも被害者の関連を突き止めていた。ウィルは2週間後に自分が標的になったのを解読してしまう。リーズはアントワーヌとデートを重ねる。ジェームズは一連の事件にカートが関わっていることを突き止める。ウィルはカートから持ち去った携帯から電話をかけるとクレアに繋がったのだ。

クレアがカートと繋がっていることを知ったウィルは彼女を問い詰める。倉庫内で自殺したアレックスが組織から仕事を請け、暗号化したのだった。組織は暗号を解読する手段を失い、ウィルが選ばれた。クレアはウィルを監視するために接触してきたのだった。すべてが計画のとおりだった。ウィルはクレアの元を離れる。残されたクレアは誰かに電話して、助けを呼ぶ。アントワーヌだった。アントワーヌは「クリスに説明できない」と言い、計画を失敗したとクレアを責める。ウィルはジェームズに暗号の解読を依頼し、計画の一部が明らかになっていく。そしてそこには「アンナの誘拐」も計画にあることも。ウィルは急いでリアとアンナの家に行く。ところがアンナは独りで家を抜け出し、クレアの家に向かっていたのだ。ウィルはFBIに行き、娘の保護を求める。クレアはアンナを連れて組織のアジトに行く。クレアとアンナは組織の支配下、人質になる。クレアのパソコンが証拠になるとして、ウィルたちは暗号を解読中のジェームズの隠れ家に行くが、ジェームズは何者かに殺されていた。