若い女性が殺害される連続殺人事件の捜査に行き詰まったFBI捜査官のジャックは、犯罪プロファイラーのウィルに捜査協力を要請する。だが事件解決の兆しが見えた矢先に模倣犯による殺人事件が起きてしまい、ジャックは精神科医のハンニバル・レクター博士にも協力を依頼することに。ウィルの精神状態を診る役目だったハンニバルだが、次第に犯行現場にも立ち会うようになり・・・。

ジャック率いるFBI行動科学捜査班は、土壌から突き出たいくつもの“手”が発見された事件現場に出動する。犯人をプロファイリングするウィルだったが、彼はホッブズを銃殺したショックから悪夢に苛まれ、ハンニバルの診療を受ける。捜査から身を引こうとしたウィルだが、彼の能力に興味を持った記者が凶悪犯罪マニア向けのサイトに事件の記事を掲載してしまう。

連続殺人事件の捜査に難航するFBIは、遺族から早期解決を切望されていた。そんな中、ハンニバルの提案を受けジャックらは、昏睡状態から目を覚ましたアビゲイルを事件現場へ連れて行くことに。だが到着した矢先に彼女の親友が模倣犯によって殺害されてしまう。現場に残っていた証拠から遺族の一人ニックが容疑者に挙がるが、ニックは無実を主張しアビゲイルに詰め寄り・・・。

一家全員が殺害される事件が起き、ジャックは一家の息子が誘拐されていることを知るが、事件との関連性をつかめずにいた。ウィルのプロファイリングで事件は解決に向かうが、彼は自分の家族に関するトラウマで苦悩する。一方ハンニバルは、無許可で病院を抜け出したアビゲイルを匿い彼女と同居を始める。家族を失ったアビゲイルの悲しみを緩和してやろうとするが・・・。

ジャック率いる行動科学課のメンバーらは、被害者の死体が天使に見立てられた殺人現場に呼ばれる。同様の事件が続くにつれハンニバルは、犯人は脳腫瘍を患った人物で、何かしらの恐ろしい幻覚に襲われているのではないかと仮説を立てる。犯人は一体何の幻覚を見て、何のために天使を作り出しているのか。一方、捜査が進む中、ジャックは妻が末期癌に侵されている事を知り動揺する。

ボルティモア州立病院のチルトン博士は、収容中の囚人ギデオンが病院の看護師を殺害し、連続殺人犯の“チェサピークの切り裂き魔”を名乗っているとFBIに捜査を依頼する。ウィルたちはギデオンの主張を疑うが、ギデオンは切り裂き魔でしか知りえない情報を持っていた。そんな中、以前に切り裂き魔の事件を捜査中に失踪したジャックの教え子ミリアムから、ジャックの携帯に電話が入り・・・。