OPERATION:3

シーズン1、エピソード3: 搭載艦載機部隊を発着艦させつつ、惑星フェアリイの空を巡航する巨大空中空母、バンシーIV。ある日、バンシーが近接防御システムを暴走させ、着艦直前の友軍機を撃墜するアクシデントが発生する。零はシステム軍団の技術大尉、トマホーク・ジョンと共にバンシーへと向かう。トマホークはシステムエンジニアであり「メイヴ」のアビオニクスを手がけたひとりでもあった。当初、バンシーのアクシデントは、システムエラーと考えられていた。だが、零とトマホークはバンシーがジャムに汚染されているらしいとの疑いを深める。中枢部に潜入したふたりは、そこで進行している驚愕の光景を目にするのであった!?