戦闘妖精雪風

ある日、任務を終えて帰投中の雪風は、未確認機の襲撃を受ける。スーパーシルフと同型の不明機をジャムと判断した雪風に従い、零はためらわずに不明機を撃墜した。負傷しつつも辛くも帰還した零は査問にかけられるが、結局不明機の正体は分からずじまいであった。ブッカー少佐との束の間の休息の後、任務に復帰した零と雪風に、再び不明機が襲いかかる。激しい追撃。絶体絶命のその時、雪風は零の制御を離れ、自律コントロールを宣言する。零の想像を超えた雪風の真の能力が、今明らかになろうとしていた…！

瀕死の重傷を負って雪風に強制射出され、意識不明となった零。上官のブッカー少佐は零の回復を信じ、開発中の無人戦闘機・FRX-99にコクピットを追加して有人化したFRX-00を開発。だが、グノー大佐はブッカーに対し「これからの戦いに人間は必要ない」と非難する。ブッカーは反論するが、無人機開発計画は着々と進行していた。ある日、ジャム攻撃に出撃した新鋭機ファーンＩＩの編隊がエンジンに不調をきたす。その時、情報収集行動中だったFRX-00が飛来し、援護を開始してジャムを撃破。編隊を救う。しかし、次の瞬間、FRX-00は味方に照準を合わせてきたのであった!?

搭載艦載機部隊を発着艦させつつ、惑星フェアリイの空を巡航する巨大空中空母、バンシーIV。ある日、バンシーが近接防御システムを暴走させ、着艦直前の友軍機を撃墜するアクシデントが発生する。零はシステム軍団の技術大尉、トマホーク・ジョンと共にバンシーへと向かう。トマホークはシステムエンジニアであり「メイヴ」のアビオニクスを手がけたひとりでもあった。当初、バンシーのアクシデントは、システムエラーと考えられていた。だが、零とトマホークはバンシーがジャムに汚染されているらしいとの疑いを深める。中枢部に潜入したふたりは、そこで進行している驚愕の光景を目にするのであった!?

人類側の新技術や新兵器を次々とコピーし、新しい戦術で攻撃を加えて来るジャム。人類とジャムの戦いは新たな局面を迎えていた。一方、零はメイヴに換装した新型エンジン、スーパーフェニックスMk.XIの燃焼テストのため、ブッカー少佐と共に地球へ赴く。南極上空へ抜けるため「通路」に突入するメイヴ。同時に、3機のジャムが地球へと侵入した。南極の洋上に展開した日本海軍空母・アドミラル56は直ちに艦載迎撃機を発進させる。だが、高性能のジャムにはまるで歯が立たない。やがて、ジャムはアドミラル56に体当たり攻撃を仕掛けてくる。しかし、その空母には『ジ・インベーダー』の著者であるリン・ジャクスンが乗艦していた。

ジャムによる総攻撃が予想される中、クーリィ准将はライトゥーム中将とリンネベルグ少将を無防備な誘導路脇でのお茶会に招待する。ブッカー少佐と零、エディス大尉も同席し、雪風が出席者にGUNの狙いを定める中、緊張をはらみつつも優雅に進むお茶会。しかしその最中、遂にジャムの総攻撃が始まる。そしてロンバート大佐も、自ら指揮する再教育部隊を率いて反乱を開始。次々に撃破され総崩れとなっていくフェアリイ空軍。しかし、それはジャムとジャムに汚染された者たちに対して、クーリィとブッカー少佐が仕組んだ巧妙な罠だった。混乱の最中、零の命令を受けた雪風は、無人でフェアリイ基地を離陸する…。