西暦2199年。ガミラスとの戦いに敗れ滅びゆく地球人類。国連宇宙軍最後の艦隊が冥王星沖にてガミラスと交戦する最中、火星に謎の宇宙船が不時着する。その宇宙船からもたらされたメッセージとは…!?

赤く干上がった大地に静かに眠る沈没戦艦。それは人類が秘かに建造した恒星間宇宙船であった。その船の名はヤマト。そして、ヤマトに与えられた使命は、16万8000光年の彼方、惑星イスカンダルへの大航海だった。

国連宇宙軍の救難信号を受信したヤマトは土星の衛星エンケラドゥスへ降下し、救難活動を行うことを決める。しかしガミラス偵察揚陸艦の強襲を受けてしまった。戦いの中、古代はエンケラドゥスの氷原で凍結した難破艦を発見。衝撃の事実を知る。

地球を壊滅させた遊星爆弾の発射基地がある冥王星。沖田はこの基地を叩く決意をし攻撃を開始。ヤマトは航空隊との連携した作戦を立案するが、逆に反射衛星砲からのロングレンジ攻撃を受け損傷してしまう。コントロールを失ったヤマトは冥王星の海へと降下するが…。

冥王星の海に沈むヤマト。敵基地探索を続けるヤマト航空隊。古代は冥王星を彩るオーロラの中から敵機が出現することに気づく。反射衛星砲の攻撃をかいくぐり、いま、ヤマトの反撃が始まる！