「宇宙戦艦ヤマト2199」の完全新作の劇場版。西暦2199年。イスカンダルで〈コスモリバースシステム〉を受領したヤマトは、大マゼラン銀河を後にしようとしていた。だが突如、戦闘民族〈ガトランティス〉と遭遇。指揮官の「雷鳴のゴラン・ダガーム」は艦の引き渡しを要求し、ヤマトに最新兵器〈火焔直撃砲〉を放つ。間一髪、ワープで追撃を振り切ったものの、薄鈍色の異空間へと迷い込んでしまったヤマトは、まるで意志を持ったように舵を切ると、謎の惑星へと誘われていく。惑星へ情報収集に降下した古代たちが見たものは…。