ガミラスとの闘いから一年がたった西暦2201年。もとの環境を取り戻しつつあった地球に、白色彗星の脅威が迫っていた。正体不明のメッセージを傍受した古代は地球の危機を知り、かつての乗組員たちを集めヤマトを強行発進させるのであった。