春、元美術部で運動音痴の主人公・東島旭(西野七瀬)は、新しい自分になることを夢見て、二ツ坂高校に入学する。しかし、そこで、1つ上の先輩でなぎなた部の宮路真春(白石麻衣)と出会い、その強さに憧れ、“なぎなた”をはじめる決意をする。入部したなぎなた部で、同級生の八十村将子(桜井玲香)、紺野さくら( 松村沙友理)、2年生の野上えり(伊藤万理華)、大倉文乃(富田望生)、そして宮路真春らと共に部活動をスタートしたが、“練習は楽で運動神経がなくても大丈夫”、そんな誘い文句とは真逆でなぎなたの稽古は過酷そのもの!やがて3年生にとって最後となる夏のインターハイ予選を迎える。決勝まで順調に勝ち進んだ二ツ坂高校だったが、ダークホースの國陵高校に敗れてしまう。なかでも、1年生エース・一堂寧々(生田絵梨花)の強さは圧倒的だった。3年生が引退し、野上新部長で再スタートを切った新生二ツ坂なぎなた部は、山奥の尼寺で僧侶・寿慶(江口のりこ)の激しいしごきによる、地獄の夏合宿を経て、一回り大きく成長する。迎えた秋の大会。再び二ツ坂の前に宿敵・國陵高校と一堂寧々が立ちふさがる。