北町奉行・遠山金四郎のもとに佐渡守が相談にやってくる。佐渡金300貫を積んだ船の失踪事件。竜巻の発生により起こった事件だが、そこに何らかの陰謀の匂いを嗅ぎつけ、金さんは佐渡へ急ぐ。その道中、越後寺泊の宿で薬売りに出会うが…。