海底奥深くに数千年ものあいだ沈んでいたアトランティス大陸。若き地図製作者であり才能溢れる言語学者マイロ・サッチと、アトランティス帝国のキーダは、全ての力の源であるクリスタルを利用して、一度は滅び、無知と恐怖に支配されていた、アトランティス帝国の都を、知識の中心となる繁栄した都に復興していた。その頃、北大西洋では数隻の貨物船が海のモンスターに襲われ、次々と沈没。人類の安全を脅かす事件が起こっていた。これを知って驚いたのはキーダ。「アトランティスの心臓」のクリスタルを引き上げたことで、「アトランティスのテクノロジーが他にも甦ったのではないか」と危惧したのだ。早速、キーダは、マイロやアトランティス探検隊のメンバーと共に、アトランティス帝国最後の謎を究明するため、新たなる冒険の旅に出発する。そこで、マイロとキーダの前に立ちはだかったのは、これまでに見た事のない巨大ダコ、砂のコヨーテ、火や雪のモンスターなどの、未知の怪物たちだった。冒険に次ぐ冒険の果てに、とうとうマイロとキーダたちはクリスタルを手にする。初めはクリスタルを永遠に封印しようとしていたキーダだが、このクリスタルの知恵は人類が共有し有効に活用すべきものだと考え直すのだった。そしてその為に、クリスタルの力でアトランティスを再び陽の光があたる大陸にしようとするのだった・・・。