米軍諜報部から記憶喪失の男（アラン・ムーシ）が連れ去られた。犯人のケウン（トニー・ジャー）は、銃撃をものともせず米兵を鮮やかに倒し消え去っていった。仲間たちの下へと導かれる男。そこには、カルメン（ジュージュー・チャン）、ハリガン（フランク・グリロ）、そしてワイリー（ニコラス・ケイジ）たちが集っていた。ワイリーは、彗星とともに超好戦型のエイリアンが現れ、人類に闘いを挑んできたと語る。受けて立つのは、人類最強の9名。逃亡すれば、人類は滅亡するという・・・。男たちは、諜報部からの激しい追跡を交わしながら、エイリアンとの決戦に挑む――。