西暦2740年。宇宙を守る任務を帯びたエージェントのヴァレリアンとローレリーヌは、あらゆる種族が共存する“千の惑星の都市”アルファに派遣される。アルファでは、謎の放射線汚染が広がっており、2人は司令官の護衛を務めることになった。ところが30年前に消えたはずの惑星ミュールの一団が現れ、司令官を連れ去ってしまう。後を追うと、銀河を揺るがす邪悪な陰謀と宇宙の歴史から抹殺されようとしていた“秘密”を知ってしまい…。果たして2人は“千の惑星の都市”と銀河の危機を救うことができるのか!?