22歳となったムサシはチームEYESを退役後、少年時代からの夢だったアストロノーツの道を歩んでいた。調査の為に向かった遊星ジュランで、ムサシは怪獣兵器スコーピスに遭遇する。その時彼を守ったのは、これまで見たことのないスペースコロナモードのコスモスだった。ウルトラ映画史上初のサイパン･ロタでの本格的ロケを敢行! テレビシリーズ「ウルトラマンコスモス」の2年後の世界を描く。