王立惑星カノンに危機が迫った。ドクター･サイキなる人物が宇宙悪魔ベゼルブを放ち、代々守られてきた命の木を破壊されたくなければ、女王アマテを差し出すように要求してきたのだ。同じ頃、ウルトラマンオーブとして覚醒したガイと彼の盟友･ジャグラス ジャグラーがベゼルブの群れを操る悪の根源を探る使命を帯びスターゲートに向かっていた…。

ガイとジャグラーは途上、惑星ルーリンでベゼルブに襲われた少年を助け、さらに怪獣ベムスターとの交戦に入る。一方、惑星カノンでは、女王アマテに流れる王家の血を提供してくれればベゼルブの群れを撤退させるというサイキの提案がもたらされていた。葛藤する女王。そしてその夜、女王を守る近衛隊を率いるシンラ隊長がベゼルブの持つ毒が仕込まれた採血器具で女王を殺そうとする事件が発生する…。

ガイとジャグラーは、女王アマテを襲撃して逃走を図ったシンラを追うカノン近衛隊のリッカ、ミコットと出会う。惑星カノンの危機にベゼルブや巨悪が関係すると知ったガイたちは、彼女たちに協力を申し出る。そして、宇宙の異変を察知して、ウルトラマンダイナ=アスカやウルトラマンコスモス=ムサシも行動を開始する。そんな中、女王アマテは彼女に潜在する力で戦線に立って欲しいという防衛軍の要求に対し、苦悩していた…。

惑星カノンでベゼルブに襲われ、危機に陥ったウルトラマンオーブを救ったのは、ウルトラマンダイナだった! ベゼルブを倒し、ガイやアスカ、ジャグラー、リッカたちはサイキの研究施設に突入。そこには女王アマテを案じるがゆえにカノン防衛軍によって汚名を着せられたシンラがいた。シンラの無実を本国へ知らせようとしたリッカたちを庇い、ジャグラーがベゼルブに襲われる…。

女王アマテは、アスカの要請を受けて惑星カノンにやってきたムサシから、サイキは女王アマテが血によって変身する戦 (いくさ) 神 (がみ) の力を利用することを企んでいると教えられる。同じ巨人として戦う存在であるムサシのいたわりの言葉に芽生える女王の想い…。自らの力を受け止め、争いを厭う気持ちを抑えて女王アマテは遂に戦神として戦線に立つ! 女王の心の痛みを感知したガイは女王を助けようと戦場へと急行する…。

襲い来るベゼルブたちに、戦神が立ち向かっていく。その様子を満足げにうかがうサイキ、そしてクイーンベゼルブ…。ガイはオーブとなって戦神を助けようとするが、アスカに止められる。女王は攻撃ではなく、あくまで民を守る「防御の一心」で戦線に立ったのだというムサシの言葉に、一同はただ戦いを見守るしかない。その時、戦神は平和的解決のため、クイーンベゼルブとの対話を始める…。