兄弟ウルトラマン、はじめます! 平和な街、綾香市に突如現れた怪獣、グルジオボーン。セレクトショップ「クワトロM」を経営する湊ウシオの息子、湊カツミとイサミ兄弟も、炎を吐く怪獣の大暴れに巻き込まれてしまう! 絶体絶命のピンチを迎えたその時…。ウルトラマンに変身する力を得た兄弟、そしてその家族の物語が、今、幕を開ける!

ウルトラマンになる力を得て有頂天になる弟･イサミに反して、兄のカツミは手にした力の大きさを恐れていた。真っ向から意見がぶつかる兄弟。その妹のアサヒは、「ハッピー♪」を口ぐせに、持ち前の明るさとアメ玉で兄たちに癒しをもたらす。そんな彼らの前にまたもや怪獣が出現! イサミはガレキの下敷きになり、動くことができない!

ピッチャーとして名を馳せた元高校球児の兄･カツミ。家族のためにプロ入りを断念した過去がある彼は、所属する草野球チームの監督 (平泉成) の引退試合に闘志を燃やす。だが、怪獣との戦いで負ったケガが投球にひびく。そんな彼に監督がかけた言葉とは…。ピッチャーとして、そしてウルトラマンとしての使命を果たすべく、カツミの決意と共に戦いが始まる!

空を飛ぶことに執念を燃やす二宮ユウハは、大学でひとり造り上げた翼で夢に挑戦するも、失敗続きでいつも怪我をしている。そんな同級生の無謀な挑戦に巻き込まれ、共に空を目指すことになった湊イサミの前に、嵐を巻き起こす怪獣グエバッサーが出現! 新たな風の力で戦えイサミ=ウルトラマンブル!

あのコマ姐が帰ってくる! その人の名は小牧カオル。やんちゃだった湊カツミとイサミの兄弟が、子供の頃よく世話になった元警官だ。宿敵、そして恩人との4年ぶりの再会に、胸を躍らせる兄弟。しかし彼女は突如出現した怪獣メカゴモラに囚われてしまう! 屈強なロボット怪獣に、兄弟ウルトラマンはどう立ち向かう!?