人類初の宇宙移住計画により、2000人の入植者を乗せて宇宙船コヴェナント号は新たな植民地となる惑星オリガエ-6を目指していた。ところが突然のアクシデントで、船長が命を落としてしまい、その直後コヴェナント号は謎の電波を受信する。船長代理となったオラムは、亡くなった船長の妻であるダニエルズの反対を押し切り、進路を変更して電波の発信元である近くの惑星へと向かう。オラムやダニエルズを含む調査隊が惑星の探索を進めるうちに、そこは目的地よりもはるかに地球の環境に似ており新たな楽園と思われた。だが、それは人類の生存を賭けた想像を絶する戦いのはじまりだった……。