荒廃した地球で、無人偵察機のメンテナンスをするジャック・ハーパー（クルーズ）。数十年前、“スカヴ”と呼ばれるエイリアンの襲撃により地球は壊滅。人類は別の惑星へ移住を果たした。高度1000メートル上空に居を構え、地球の監視という職務を遂行していたジャックだったが、墜落した宇宙船で眠る美女を救出したことで、平穏な生活に変化が訪れる。美女の出現によって、ジャックは自身を取り巻く環境に疑問を抱くようになり、さらには人類の運命をその手に委ねられることになる―。