＜消滅するのは、日本か、レギオンか。＞地球を襲う新怪獣の名はレギオン。シリコンを活力源に巨大草体と共生しながら爆発的に繁殖してゆく。空・陸からの数千匹にも及ぶ兵隊（ソルジャーレギオン）と翔（はね）レギオンの攻撃にガメラ絶体絶命のピンチ！復活を願う子供たちによる必死の祈りはガメラに届くのか！？