はるかな未来、もしくは遠い過去かもしれない。銀河の果てまで進出した時代、残されたフロンティアのなくなった人類は、戻るべき場所=地球への居住権をめぐり紛争を引き起こした。この紛争の切札として建造された四隻のデス・シャドウ級宇宙戦艦。その四番艦・艦長の名前をハーロックといった。しかし、英雄と呼ばれたハーロックは終戦とともに姿を消した。そして次に姿を現した時、彼は艦首に巨大なドクロを刻んだ海賊船を駆る、呪われた宇宙海賊となって政府に叛旗を翻した。なぜハーロックは姿を消し、海賊となって現れたのか？彼の目的は？ そして今…、ハーロック暗殺計画が発令された!!