平成ガメラシリーズを手がけた金子修介が初めて「ゴジラ」に挑んだシリーズ第25作。第1作で東京に襲撃して以来、約50年ぶりにゴジラが日本に再上陸するという設定に民間伝説「護国聖獣伝記」を絡めて描く。防衛軍准将・立花は社会の諸現象からゴジラの復活を警告するが、平和に慢心した軍は彼を黙殺。一方、超常現象番組を担当するTVスタッフの由里も奇妙な事件に遭遇。ゴジラを迎え撃つ怪獣にモスラ、バラゴン、キングギドラが登場。