前作「ゴジラVSビオランテ」に続き、大森一樹監督、川北絋一特技監督のコンビで製作したシリーズ第18作。1992年、東京上空に23世紀の未来人を乗せたUFOが飛来する。彼らは、未来の日本はゴジラの原子力発電所破壊による核汚染により死滅するので、歴史を修正し日本人を救うために来た、と告げる。日本政府は、恐竜がゴジラと化す前の時代にタイムワープして、ゴジラの存在を歴史から消滅させようとする。作戦は成功したかに見えたが・・・。キングギドラが再登場し、激闘を繰り広げる。