「ゴジラ」シリーズ第22作。第1作で登場したオキシジェンデストロイヤー（水中酸素破壊剤）が41年の歳月をかけて生み出した新怪獣・デストロイアとゴジラの壮絶な闘いを描く。香港に赤いゴジラが出現。ゴジラが吐き出す放射能熱線で香港は炎と黒煙に包まれた。ゴジラの体内にある原子炉で異変が起きており、核爆発を起こす可能性が示唆された。一方、東京湾の海底ではかつてゴジラを葬った科学兵器オキシジェンデストロイヤーの影響を受けた新生命体・デストロイアが誕生、東京の臨海副都心を恐怖に陥れた。次々に姿を変えて進化していく完全生命体・デストロイアとメルトダウン寸前のゴジラの死闘が始まる・・・。