今回のバトルフィールドは首都・東京。ランドマークである東京タワーをはじめ、国会議事堂、六本木ヒルズなど東京の名所を中心に三大怪獣が激突。ゴジラのDNAから作られ、前作でゴジラをあと一歩のところまで追いつめた「機龍」と5年ぶりに復活した小美人とともにあらわれたモスラ、そしてゴジラが激突し、メガトン級の超バトルが繰り広げられる。