東京湾・羽田沖。突如、東京湾アクアトンネルが巨大な轟音とともに大量の浸水に巻き込まれ、崩落する原因不明の事故が発生した。首相官邸では総理大臣以下、閣僚が参集されて緊急会議が開かれ、内閣官房副長官・矢口蘭堂は、海中に棲む巨大生物による可能性を指摘。周囲は矢口の意見を一笑に付すものの、直後、海上に巨大不明生物の姿が露わになった。慌てふためく政府関係者が情報収集に追われる中、謎の巨大不明生物は上陸。普段と何も変わらない生活を送っていた人々の前に突然現れ、次々と街を破壊し、止まること無く進んでいく。政府は緊急対策本部を設置し、自衛隊に防衛出動命令を発動。そして、川崎市街にて、“ゴジラ”と名付けられたその巨大不明生物と、自衛隊との一大決戦の火蓋がついに切られた。果たして、人智を遥かに凌駕する完全生物・ゴジラに対し、人間に為す術はあるのか？