ピーターは夏休みに、学校の友人たちとヨーロッパ旅行に出かける。しかしそこに待っていたのは、元S.H.I.E.L.D.長官であるニック・フューリーだった。 迫りくる新たな脅威を察したニックは、スパイダーマンの力を必要としていたのだ。目の前に立ちはだかる脅威にピーターは怖気づくが、ニックはその使命をスパイダーマンに託す。ヴェネチア、ベルリン、ロンドンといったヨーロッパ都市をはじめ、各国を危機に陥れるのは、“火”や“水”など自然の力を操るクリーチャーたち。 世界に脅威が迫る中、ニックはミステリオをピーターに引き合わせる。異次元から来たという彼もまた、ピーターと共に敵に立ち向かっていく。そしてこの戦いに、ソーやキャプテン・マーベルの力は借りられない。ピーター＝スパイダーマンはこの危機にどう立ち向かうのか――今、世界は彼に託される・・！