全人類を性格で振り分け、【勇敢】【博学】【平和】【高潔】【無欲】という5つの派閥で管理する世界。適性検査により《異端者(ダイバージェント)》であると判明したトリス(シャイリーン・ウッドリー)は、どの派閥にも管理できない危険分子として扱われ、世界を支配しようと企む【博学】の指導者ジェニーン(ケイト・ウィンスレット)に命を狙われる。トリスは恋人のフォー(テオ・ジェームズ)と兄のケイレブ(アンセル・エルゴート)、【勇敢】のピーター(マイルズ・テラー)らと共にジョアンナ(オクタヴィア・スペンサー)率いる【平和】の村へ逃れる。しかしジェニーンの追手が迫り、村を追われて派閥から孤立したトリスとフォーは、反乱を目指す〈無派閥〉と合流する。彼らを率いるリーダーは幼少の頃死んだと思っていたフォーの母親イブリン(ナオミ・ワッツ)だった。一方ジェニーンは世界の鍵を握る「箱」の封印を解くために、その能力を持つ《異端者》を次々に捕えていた。「箱」の中にはどんな秘密が隠されているのか?トリスはジェニーンを倒し、世界を支配する体制を変えることができるのだろうか?