ダークナイト（＝バットマン）が夜の闇に消え、一瞬にしてヒーローから逃亡者となってしまったあの夜から8年。地方検事ハービー・デントの死の責任を一身に背負い、ダークナイトは、ゴードン市警本部長とともに目指した大義のために、すべてを犠牲にした。その嘘はしばらくの間、うまくいった。犯罪防止のために制定されたデント法の重圧を受け、ゴッサム・シティーにおける犯罪活動がことごとく潰されたからだ。そんななか、ひとりの狡猾な泥棒の登場をきっかけにすべてが変わる。猫のようなしなやかさをもつその怪盗は、その犯罪の真意も謎に包まれていた。しかし、ゴッサムとダークナイトにとっての真の脅威は、覆面テロリスト、ベインの出現だ。ゴッサムを恐怖のどん底に陥れるベインによって、ブルース・ウェインは自ら課した“潜伏期間”を切り上げざるを得なくなる。そして再びケープとマスクを身にまとうのだが、ダークナイトでさえも、ベインを倒すことはできないかもしれない・・・・・・。