抵抗軍の指導者であるジョン・コナーは、一人の少年を探していた。将来過去に送り込まれてジョンの父親になるという重大な宿命を担う少年、カイル・リースだ。ある日突然、マーカスという謎の男が現れる。彼は偶然出会ったカイルと行動を共にするが、＜スカイネット＞に襲われ、カイルを拉致されてしまう。抵抗軍に助けられたマーカスは、自分の正体を知って激しい衝動を受ける。彼の体は、脳と心臓以外、すべて機械だったのだ。果たしてマーカスは、敵か味方か―？記憶を失くした彼自身にも、それは分からない。しかし自分を殺しに来たと疑うジョンに、マーカスは＜スカイネット＞への侵入の手引きをする。そこで二人が遭遇する、ターミネーター誕生の秘密とは？ジョンはカイルを保護する事が出来るのか？遂に、人間と機械の最後の戦いが始まる―！！