美しくてタフなララ・クロフト（アンジェリーナ・ジョリー）は、類まれな才能を持つトレジャー・ハンター。ある日、ララと相棒の天才プログラマー、ブライス（ノア・テイラー）は20年前に失踪したララの父クロフト卿（ジョン・ボイト）の隠し部屋から、不思議なアンティークの時計を発見。内部には謎の星座表が隠されていた。その時計は世界に天変地異をもたらすと言われる5000年に一度の“グランド・クロス＝惑星直列”によって、強力な力を発揮する古代の秘宝＜Holly Triangle＞への手がかりだった。ララは愛する父の遺志を引き継ぐため、その謎を解き始める。しかし、彼女の宿敵マンフレッド・パウエル（イアン・グレン）もまた、この機会を狙っていたのだ・・・。完全な日蝕が始まり、＜Holly Triangle＞が最大の能力を発揮する“グランド・クロス”まで、ララに残された時間はあとわずか。ララは謎を解き明かし、世界を救うことが出来るのか？