大海賊にして大悪党、悪名高きキャプテン・レッドの手下として航海に出たトム。毎日のデッキ掃除に嫌気が差していたトムは、あるとき船に打ち上げられた謎のビンを発見。なんとそのビンの中には宝のありかを記した地図が！宝を独り占めしようと夢に胸を膨らませるトムの前に現れたのは、やっぱりジェリー。ジェリーは、宝の地図を守るため、ビンの中に入っていたのです。宝を狙うトムと、守ろうとするジェリー。お馴染みの一騎打ちになるかと思われますが、今回はひとまず休戦。ココナッツを投げるサルに、恐ろしい大ダコ、そして宝を狙う海賊たちを向こうに回し、トムとジェリーは協力して魅惑の宝探しに挑みます！