1969年7月20日、アポロ11号が月面着陸に成功したその陰で、米国政府は月の裏側に不時着した謎の物体の調査を開始する。それは惑星サイバトロンから脱出したアークと呼ばれる宇宙船で、中にはオートボットの偉大なる元司令官センチネルプライムが眠っていた……。 時は流れ、現代。社会人となったサムに再び悪夢が襲いかかる。次々と宇宙からやってくる新たな侵略者の圧倒的な破壊力に、人類はなす術もなく追い詰められていく……。