海洋生物学を専攻するマギーは、インターンとして世界屈指の研究所「ペルセフォネ」に入所する。そこは、孤島の水深800Mに位置する、最新鋭のシステムを備えた廃棄物研究施設。到着早々にマギーは施設内を見学するが、その時、轟音と共に施設を大きな振動が襲う。海底カメラの映像を見ると、そこには頭が3つある巨大なサメが泳いでおり、施設に体当たりをしていた。即座に緊急避難命令が出されるが、施設は崩壊し多くの犠牲者を出す。マギーたちはかろうじて孤島の地上まで逃げ出すが、助けを呼ぶには海を渡らなければならなかった…。