15歳のジム・ホーキンスは、ある日不思議な黄金の金属球を手にする。それは、莫大な財宝が眠ると言われる《宝の惑星‐トレジャー・プラネット‐》への宇宙地図だった。幼い頃からトレジャー・プラネットの伝説に魅せられていたジムは、故郷モントレッサ星に母を独り残し、宇宙船レガシー号で遙か銀河の彼方を目指して旅立つ。超新星の爆発、恐ろしい海賊たちの襲撃、次々と迫りくる危機を仲間たちと力を合わせて勇敢に乗り越えていくジム。そして、ついにトレジャー・プラネットに着陸するが、実はこの星には想像を絶する秘密が隠されていたのだった…！