妖精との約束を破ったため、体を小さくされてしまったニルス。だが、動物と話ができるようになり、ガチョウのモルテンやハムスターのキャロットと一緒にガンの群れの一員として旅立つことに。ニルスは冒険を通して、勇気や責任感などを学んでいく。