平和な忍術学園の夏休みをだいなしにしたのは…だれだ！ しんべヱのパパが学園長にたのまれて輸入した硝石が極悪非道の八方斎に奪われた。忍たま三人組は、それを取り戻すためにドクタケ城にのりこむのだが…。