胸に蝶の刺青を入れていることから “パピヨン”と呼ばれた男は、無実の罪で終身刑を言い渡され、フランス領ギアナの悪魔島に送られる。周囲を海に囲まれた、この島は脱出不可能な場所として知られ、囚人達は人権をはく奪され、過酷な強制労働を科せられていた。絶望と死が支配する場所で、自由と希望を求めて足掻くパピヨンは、志を同じくする紙幣偽造の天才ドガと出会い、やがて二人は奇妙な友情で結ばれてゆく…。