誰にも知られていない秘密の場所・ポケモン谷。ひょんなことがきっかけで、ピカチュウたちはディグダが掘った穴の中に転がり落ち、ポケモンだけが暮らすこの谷に迷い込んでしまった。ピカチュウたちは先に穴に落ちたトゲピーを捜すのだが…。