ここは平和なバーク島――かつては対立していた人間とドラゴンだったがヒックとトゥースの活躍により今は平和に共存するようになっていた。ヒックがまだ地図に載っていない場所を探検していると、見慣れない島影を発見する。そこには超巨大ドラゴンを操るドラゴをリーダーとする悪の一味がいて島を狙っていることを知る。ヒックは島の仲間を守るために再び立ち上がる！